L'INRA (Institut National pour la Recherche Agronomique) et la société Soluscience (www.soluscience.fr ) proposent un *financement de thèse* (rentrée 2008) dans la cadre d’une *bourse d’Innovation régionale (AUVERGNE)*.
_Profil _: Bioinformatique (bioinfo-analyse et programmation).
_Titre_ : Modélisation de voies métaboliques et de leur régulation.
_Contexte_ :
Mise en place d’une approche logicielle visant à l’analyse de bases de données biologiques issues de résultats de résonance magnétique nucléaire, spectrométrie de masse, puces à ADN et séquences de régulation génique. Cette construction logicielle sera appliquée à la modélisation de voies métaboliques impliquées dans l’évolution bioénergétique de cellules humaines en culture.
Ce sujet de thèse se trouve au croisement de la transcriptomique, la métabolomique et l'informatique appliquée au vivant. Il s'agira pour le doctorant de mettre au point un modèle d'analyse (protocole bioinformatique), l'implanter (logiciel et pipeline bioinformatique) et le valider en effectuant les analyses bioinformatiques. Les résultats conduiront à des publications dans les domaines de la bioinformatique et de la biologie./ En aucun cas le doctorant ne sera amené à pratiquer des expériences de biologie. /
_Encadrement_ : L'encadrement informatique sera effectué par la société Soluscience. Le langage de programmation utilisé sera le C++. La société se chargera de former le doctorant à la programmation. L'encadrement bioinformatique sera effectué par Soluscience et l'INRA.
_Compétences requises_ : Le candidat de niveau Master2 ou équivalent devra posséder des compétences en programmation informatique et des notions de biologie pour effectuer des analyses /in silico/. Plus précisément :
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programmation orientée objet. Une connaissance du C/C++ serait la bienvenue mais pas indispensable. La société se chargera de la formation à la programmation.
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notions en biologie et éventuellement en métabolisme, puces à ADN et régulation génique. Là aussi, l'encadrement se chargera de compléter les connaissances du candidat pour mener à bien le projet.
_Rémunération_ : 1.500 € net par mois
_Lieux _: Les travaux seront réalisés en alternance (environ 50/50 %) à l’INRA (paramétrage, récupération de données biologiques et bioinfo-analyse) et au sein de la société Soluscience (programmation, modélisation et bioinfo-analyse).
Ces deux localisations sont dans les environs de Clermont-Ferrand : Soluscience est à l’intérieur de la faculté de médecine de l’Université d’Auvergne (Place Henri Dunant, Clermont-Ferrand) accessible directement par tramway. Le Centre INRA est situé à la périphérie de l’agglomération (Saint-Genès Champanelle), accessible par navettes gratuites à partir de Clermont-Ferrand.
Offre n° 13158