Thèse de bioinformatique Source: Université et Région de Montpellier

Evolution du HIV : modèles, méthodes et algorithmes

Encadrants et équipes d’accueil:

Olivier Gascuel (DR CNRS)
Méthodes et algorithmes pour la bioinformatique
LIRMM, CNRS-UM2, 161 rue Ada, 34392 Montpellier
gascuel@lirmm.fr - www.lirmm.fr/MAB/

Martine Peeters (DR IRD)
VIH/SIDA et maladies associées
IRD, Agropolis, Montpellier
martine.peeters@mpl.ird.fr - http://www.ird.sn/activites/sida/index.htm



Le VIH a une évolution rapide et complexe, avec un taux très élevéde
recombinaison, ce qui lui permet d’échapper au système immunitaire etde
développer des résistances aux thérapies. La thèse aura pourobjectif de
mettre en place de nouveaux modèles et de nouvelles méthodes pour lesuivi
de cette évolution. L’approche générale sera celle de lamodélisation
statistique, avec des algorithmes d’optimisation de la vraisemblance. Le
candidat travaillera sur (1) les phylogénies sérielles qui permettent
d’étudier l’évolution du virus au cours du temps ; (2) larecombinaison,
qui perturbe fortement les reconstructions phylogénétiques et impose des
modèles de type réseau plutôt qu’arbre ; (3) la reconstructiond’événements
anciens, comme l’émergence du HIV à partir du SIV (affectant lessinges).
La thèse se déroulera au LIRMM (bien connu pour ses avancées en
bioinformatique évolutive) et à l’IRD (à l’origine d’étudesmajeures sur
l’origine de la pandémie), en liaison avec les Université du Cap etd’Auckland.

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gascuel@lirmm.fr