Unité Amélioration Génétique et Physiologique Forestières àl'INRA d'Orléans

Recherche IE en annotation fonctionnelle
Contacts pour tous renseignements et acte de candidature : I. Bourgait
(isabelle.bourgait@orleans.inra.fr) et JC Leplé
(jean-charles.leple@orleans.inra.fr).

Activités :
Ce recrutement a lieu dans le cadre dans projet ANR Génoplante POPSEC.Dans
ce projet nous tentons d'identifier des gènes impliqués dans latolérance
du peuplier à une contrainte hydrique. Une approche de transcriptomiqueest
actuellement développée pour mettre en évidence des gènes dontl'expression
varie en réponse à la contrainte hydrique et cela dans différentsgénotypes
de peuplier plus ou moins tolérants à la sécheresse. Ces gènesconstituent
des candidats intéressants pour mieux comprendre les mécanismes
moléculaires impliqués dans la tolérance à la sécheresse.
L'ingénieur aura pour taches de réaliser :
1) des études de clustering sur les données d'expression,
2) l'annotation fonctionnelle des gènes candidats sélectionnés en se
servant des bases de données de séquence disponibles (FlagDB++, portaildu
JGI, pfam, ForGenes/ForEST, etc..) et
3) pour certain groupe de gènes co-exprimés, rechercher dans les basesde
données d'expression des information sur les profils d'expression de gènes
orthologues notamment chez Arabidopsis.

Compétences :
Avoir les bases dans la recherche de séquence par similitude, lesontologies
Avoir des connaissances en transcriptomique
Une première expérience en annotation fonctionnelle expertisée seraitbien
venue
Des notions en bases de données et langage SQL seraient appréciées
Veille technologique dans le domaine de la bioinformatique.

Capacités personnelles :
Diplôme réglementaire minimum exigé : licence
Formation recommandée : Formation de base en biologie souhaitée, avecune
double compétence en informatique
Qualités : Autonomie et curiosité, sens de l'organisation et du travailen
équipe.

Conditions et environnement de travail :
CDD de 6 mois à pourvoir le 1er juillet 2008
Rémunération de 1 917 € brut / mois
Basé sur le centre INRA d'Orléans
La personne interagira avec I. Bourgait, bioinformaticienne et JC Leplé
physiologiste de l'unité AGPF ainsi qu'avec les participants du projetPOPSEC.
Date limite de candidature 12 juin 2008

isabelle.bourgait@orleans.inra.fr