Un stage post-doctoral est disponible à l'Institut Pasteur au sein de
la plate-forme "Intégration et Analyse Génomiques" (http://
genopole.pasteur.fr/PF4).

Sujet : Intégration et analyse bioinformatique des données de
séquençage à très haut débit pour la caractérisation de clones
infectieux émergents.

Programme de recherche :
Le séquençage à très haut débit (ou "next-generation sequencing", tel
que Illumina GA ou 454 GS FLX) permet le séquençage d'isolats
multiples d'une espèce microbienne, pour des études de génomique des
populations ou d'épidémiologie génomique. L'analyse de ces données
soulève de nouvelles questions, nécessitant le développement de
stratégies informatiques innovantes.
La mission du candidat recruté consistera à développer des méthodes
et des outils pour la gestion et l'analyse de ces données. Il s'agira
notamment (i) de définir des modèles de données adaptés (par ex.
définition de séquences de référence), (ii) de construire les bases
de données correspondantes en y associant des outils d'analyse et des
interfaces de requête ad hoc (p. ex., recherche des régions
polymorphes, analyse de pressions évolutives, identification d'îlots
génomiques et de transferts horizontaux), et (iii) de participer à
l'interprétation biologique des données, à l'aide notamment des
outils développés à l'étape précédente (p. ex., corrélation des
profils génomiques avec des caractéristiques sérologiques,
physiopathologiques ou épidémiologiques). Ces analyses seront
effectuées en collaboration avec plusieurs équipes partenaires,
menant des projets de typage génomique à l'Institut Pasteur.

Compétences requises : double compétence biologie+informatique
(niveau thèse), incluant les principes de l'algorithmique, au minimum
un langage de programmation (C, Perl), les systèmes de gestion de
bases de données (SQL), le développement d'interfaces web (Java), et
la maîtrise des méthodes et logiciels standards de bioinformatique
(analyse de séquences et de données génomiques) -- des connaissances
en statistiques et en microbiologie constitueraient un plus.

Lieu :
Durée : 2 ans, disponibilité immédiate.

Salaire : selon expérience.

Contact pour candidature (CV détaillé, lettre de motivation,
références) :
Ivan Moszer - ivan.moszer@pasteur.fr
Plate-forme Intégration et Analyse Génomiques
Institut Pasteur
28 rue du Docteur Roux
75724 PARIS Cedex 15

ivan.moszer@pasteur.fr