Guylaine COGREL [secrétaire département GB] Département Génie Biologique (Le réseau des Génie Bio Saint-Brieuc)
Description
Recherche candidat ou candidate pour un stage de master (M1 ou M2) en modélisation de systèmes génétiques et/ou biochimiques. Stage rémunéré pouvant déboucher sur un projet de thèse au sein du laboratoire
Sujet proposé: Conception automatique de circuits biologiques basés sur l'utilisation d'ARNs en tant que portes logiques.
Resumé:
La Biologie Synthétique est un domaine émergent, avec des répercussions potentiellement profondes dans divers aspects de notre vie (médecine, production d'énergie, etc.) dans un avenir proche. L'objectif majeur de la Biologie Synthétique est de permettre la conception ou la reconception de cellules et d'organismes vivants au niveau génétique, pour programmer les fonctions désirées. Dans cette optique, les chercheurs ont essayé d'appliquer, avec un certain succès, les principes de l’ingénierie pour produire des cellules. Toutefois, il est évident que nous avons besoin de développer de nouvelles technologies informatiques et expérimentales pour traiter pleinement les défis spécifiques de l'ingénierie des cellules vivantes.
Les recherches du groupe Synth-Bio ont été consacrées à la conception numérique de systèmes biologiques artificiels afin de fabriquer des fonctions désirées. Le groupe a conçu des protéines devant satisfaire des fonctions pré-définies à l'aide de méthodes d'optimisation combinatoire. Leurs calculs numériques les ont permis non seulement de produire de nouvelles protéines et de nouveaux peptides avec des fonctionnalités ciblées, mais aussi de déduire certaines règles qui gouvernent l'évolution naturelle des protéines. Même si la conception de protéines ayant des propriétés personnalisées est loin d'être réalisable, les progrès récents concernant l’utilisation d’ARN pour la conception de circuits biologiques ayant un comportement digital sont très prometteurs.
Comparées aux protéines, les molécules d’ARN possèdent de nombreuses caractéristiques attrayantes pour l'utilisation dans les appareils et circuits génétiques. Par exemple, les structures secondaires d'ARN sont relativement faciles à prédire et à concevoir, ce qui n’est pas le cas en général des structures tertiaires des protéines. Des recherches récentes ont révélé la grande variété des rôles que l'ARN peut jouer dans la régulation des gènes grâce à divers mécanismes et à différents types cellulaires. Notre projet devrait apporter des perspectives uniques dans les domaines connus et inconnus du rôle de l'ARN dans la régulation des gènes.
L'objectif de ce projet est d'utiliser pour la première fois des techniques de conception automatique pour concevoir des circuits à base d’ARN fonctionnant comme des portes logiques. L'expérience en matière d'optimisation de calcul du groupe sera un élément clé dans ce projet. Ce travail aura un impact important non seulement en biologie synthétique ou en biologie des systèmes, mais également dans un large domaine de disciplines scientifiques et d'ingénierie.
Environnement Scientifique:
Le laboratoire du Dr. Jaramillo se situe au sein du plus grand parc de laboratoires et d'entreprises de biotechnologie en France, le Genopole au sud de Paris (Evry, RER Bras de Fer). Après une longue expérience dans la modélisation de systèmes biologiques a l'échelle moléculaire, thème central du groupe, nous avons développer il y a 1 an et demi un laboratoire de biologie expérimentale où travaille actuellement 5 personnes dans le but de caractériser les systèmes que nous créons in silico. Le groupe est très international (5 nationalités différentes) et se compose actuellement de 4 étudiants en thèse et de 3 post- doctorants. La philosophie de travail du laboratoire se veut interdisciplinaire, un étudiant est amené à travailler autant à la paillasse qu'au développement de ses modèles et algorithmes.
Compétence requise: Nous sommes à la recherche d'un étudiant ou d'une étudiante très motivé(e) avec :
- Connaissances en modélisation.
- Connaissances en biochimie ou en biologie.
- La maitrise de la programmation.
- Comprendre l'anglais oral et écrit
Informations pratiques: Durée : 6 mois (négociable)
Date de commencement : Dès à présent
Location : Groupe de Biologie Synthetique au sein du Programme Epigenomique. Genopole Campus 1. 5 rue Henri Desbrueres, 91030 EVRY. RER Bras de Fer.
-- Alfonso Jaramillo, Ph.D.
SYNTH-BIO group Epigenomics Project, Universite d'Evry Val d'Essonne-Genopole®-CNRS UPS3201 Batiment Geneavenir 6 Genopole Campus 1 5, rue Henri Desbruères 91030 Evry Cedex France
Offre n° 19599