Commissariat à l'Energie Atomique - Site de Marcoule Réf : SICS/19601
Licence Professionnelle
Offre de stage n° 19601 du 02/03/2010
Déposée par
Guylaine COGREL [secrétaire département GB] Département Génie Biologique (Le réseau des Génie Bio Saint-Brieuc)
Description
SUJET : Identification de régions génomiques stratégiques pour la modélisation de sondes et amorces PCR d'agents pathogènes
OBJECTIFS DU STAGE : L'étudiant développera et intégrera des scripts permettant de traiter les fichiers de sortie d'outils de multi-alignement génomique (M-GCAT, Mauve...) et de recherche d'homologies (BLAST...) afin de cibler les zones d'intérêt pour le design d'amorces et de sondes PCR (Visual OMP).
Le projet dans lequel s'inscrit ce stage consiste à identifier génétiquement des pathogènes en ciblant simultanément différentes parties de son génome, de façon à obtenir une détection la plus sensible et la plus spécifique possible.
INTERET DU STAGE : Le stagiaire aura l'occasion de se familiariser avec les programmes et bases de données classiquement utilisés en Bioinformatique, la manipulation et le traitement de séquences, la recherche d'homologies, les alignements multiples... Ce stage devra permettre de traiter de façon automatique les requêtes formulées.
Offre n° 19602