La plate-forme protéomique haut débit de OUEST-Génopole réalise des prestations de service en protéomique à différents degrés de sophistication pour les laboratoires de recherche académiques, les sociétés de biotechnologie et les industriels des secteurs pharmaceutiques et agro-alimentaires. Cette plate-forme, labellisée RIO est localisée à RENNES sur le Campus de BEAULIEU (Université de RENNES1).
La plate-forme recherche un ingénieur d'étude bio-informatique (h/f)
Sous la direction du responsable de la plate-forme :
-vous aurez en charge la supervision du parc informatique et du réseau informatique en place sous la plate-forme. Vous devez maintenir en conditions optimales les capacités d'analyse ddes bases de données biologiques internationales pour le personnel de la plate-forme. Vous serez impliqué dans un programme de Recherche Technologique visant à l'atteinte du haut-débit d'analyse en protéomique. Ce projet est financé par une subvention 2005 du Conseil Régional de Bretagne.
Ce programme de recherche implique : à l'aide d'un outil logiciel (GetDB;collaboration avec Genomining) :
- le rapatriement local des bases de données biologiques internationales non redondantes et la mise en place d'un système transparent de mises à jour des copies;
- la création et mise à jour d'une Base de données locale "pré-digérée" en mode FASTA regroupant l'ensemble des données issues des BDD rapatriées;
- la mise au point d'un système de re-soumission automatique et transparent des données d'analyse n'ayant pas permis l'identification d'une protéine à chaque nouvelle mise à jour de la base de données.
- à l'aide d'un outil logiciel existant (ProtéinScAPE-Bruker Daltonics):
* la gestion du flux de données issues des spectromètres de masse vers les moteurs de recherche installés sur la plate-forme (MASCOT Server et PHENYX Server sous Cluster PC);
* une aide à l'évaluation de nouveaux moteurs de recherche (Sequest, Sonar?) pour implémentation éventuelle du système ;
* une aide à la gestion de l'interface netre ProtéinScape et le LIMS installé sur la plate-forme (LWS,GE Healthcare).
* en collaboration avec l'équipe Symbiose (IRISA Rennes) :
- l'indexation de la base de données locale dans le but d'accélérer le processus d'analyse;
- l'accélation du Workflow d'analyse grâce à des outils Hardware (technologie disque Flash).
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charles.pineau@rennes.inserm.fr


Charles PINEAU
Plate-forme Protéomique Haut débit Ouest Génopole
Batiment 24 4ème Etage
CAMPUS de BEAULIEU
263 Avenue du Général LECLERC 35042 RENNES CEDEX
Tél : 02 23 23 52 79
Fax : 02 23 23 52 82
Mail : charles.pineau@rennes.inserm.fr

Niveau d'études : DESS, DEA, Bac+5
Ingénieur d'étude 1er Echelon (INM 369) Temps Plein, CDD 1 an renouvelable.
Qualités indispensables : disponibilité, autonomie, rigueur, capacités d'analyse et de synthèse, esprit d'équipe.
Date de disponibilité le 01 octobre 2005