Université et Région de Montpellier (Recherche)
Réf : SICS/13853
Thèse de bioinformatique
Offre de stage n° 13853 du 04/06/2008
Déposée par
Guylaine COGREL [secrétaire département GB] Département Génie Biologique (Le réseau des Génie Bio Saint-Brieuc)
Localisation
- Montpellier
Description
Thèse de bioinformatique Source: Université et Région de Montpellier
Evolution du HIV : modèles, méthodes et algorithmes
Encadrants et équipes d’accueil:
Olivier Gascuel (DR CNRS) Méthodes et algorithmes pour la bioinformatique LIRMM, CNRS-UM2, 161 rue Ada, 34392 Montpellier gascuel@lirmm.fr - www.lirmm.fr/MAB/
Le VIH a une évolution rapide et complexe, avec un taux très élevéde recombinaison, ce qui lui permet d’échapper au système immunitaire etde développer des résistances aux thérapies. La thèse aura pourobjectif de mettre en place de nouveaux modèles et de nouvelles méthodes pour lesuivi de cette évolution. L’approche générale sera celle de lamodélisation statistique, avec des algorithmes d’optimisation de la vraisemblance. Le candidat travaillera sur (1) les phylogénies sérielles qui permettent d’étudier l’évolution du virus au cours du temps ; (2) larecombinaison, qui perturbe fortement les reconstructions phylogénétiques et impose des modèles de type réseau plutôt qu’arbre ; (3) la reconstructiond’événements anciens, comme l’émergence du HIV à partir du SIV (affectant lessinges). La thèse se déroulera au LIRMM (bien connu pour ses avancées en bioinformatique évolutive) et à l’IRD (à l’origine d’étudesmajeures sur l’origine de la pandémie), en liaison avec les Université du Cap etd’Auckland.