Guylaine COGREL [secrétaire département GB] Département Génie Biologique (Le réseau des Génie Bio Saint-Brieuc)
Localisation
CENTRE-VAL DE LOIRE / Loiret Orléans
Description
Unité Amélioration Génétique et Physiologique Forestières àl'INRA d'Orléans
Recherche IE en annotation fonctionnelle Contacts pour tous renseignements et acte de candidature : I. Bourgait (isabelle.bourgait@orleans.inra.fr) et JC Leplé (jean-charles.leple@orleans.inra.fr).
Activités : Ce recrutement a lieu dans le cadre dans projet ANR Génoplante POPSEC.Dans ce projet nous tentons d'identifier des gènes impliqués dans latolérance du peuplier à une contrainte hydrique. Une approche de transcriptomiqueest actuellement développée pour mettre en évidence des gènes dontl'expression varie en réponse à la contrainte hydrique et cela dans différentsgénotypes de peuplier plus ou moins tolérants à la sécheresse. Ces gènesconstituent des candidats intéressants pour mieux comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans la tolérance à la sécheresse. L'ingénieur aura pour taches de réaliser : 1) des études de clustering sur les données d'expression, 2) l'annotation fonctionnelle des gènes candidats sélectionnés en se servant des bases de données de séquence disponibles (FlagDB++, portaildu JGI, pfam, ForGenes/ForEST, etc..) et 3) pour certain groupe de gènes co-exprimés, rechercher dans les basesde données d'expression des information sur les profils d'expression de gènes orthologues notamment chez Arabidopsis.
Compétences : Avoir les bases dans la recherche de séquence par similitude, lesontologies Avoir des connaissances en transcriptomique Une première expérience en annotation fonctionnelle expertisée seraitbien venue Des notions en bases de données et langage SQL seraient appréciées Veille technologique dans le domaine de la bioinformatique.
Capacités personnelles : Diplôme réglementaire minimum exigé : licence Formation recommandée : Formation de base en biologie souhaitée, avecune double compétence en informatique Qualités : Autonomie et curiosité, sens de l'organisation et du travailen équipe.
Conditions et environnement de travail : CDD de 6 mois à pourvoir le 1er juillet 2008 Rémunération de 1 917 € brut / mois Basé sur le centre INRA d'Orléans La personne interagira avec I. Bourgait, bioinformaticienne et JC Leplé physiologiste de l'unité AGPF ainsi qu'avec les participants du projetPOPSEC. Date limite de candidature 12 juin 2008