Description
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Un stage post-doctoral est disponible à l'Institut Pasteur au sein de la plate-forme "Intégration et Analyse Génomiques" (http:// genopole.pasteur.fr/PF4).
Sujet : Intégration et analyse bioinformatique des données de séquençage à très haut débit pour la caractérisation de clones infectieux émergents.
Programme de recherche : Le séquençage à très haut débit (ou "next-generation sequencing", tel que Illumina GA ou 454 GS FLX) permet le séquençage d'isolats multiples d'une espèce microbienne, pour des études de génomique des populations ou d'épidémiologie génomique. L'analyse de ces données soulève de nouvelles questions, nécessitant le développement de stratégies informatiques innovantes. La mission du candidat recruté consistera à développer des méthodes et des outils pour la gestion et l'analyse de ces données. Il s'agira notamment (i) de définir des modèles de données adaptés (par ex. définition de séquences de référence), (ii) de construire les bases de données correspondantes en y associant des outils d'analyse et des interfaces de requête ad hoc (p. ex., recherche des régions polymorphes, analyse de pressions évolutives, identification d'îlots génomiques et de transferts horizontaux), et (iii) de participer à l'interprétation biologique des données, à l'aide notamment des outils développés à l'étape précédente (p. ex., corrélation des profils génomiques avec des caractéristiques sérologiques, physiopathologiques ou épidémiologiques). Ces analyses seront effectuées en collaboration avec plusieurs équipes partenaires, menant des projets de typage génomique à l'Institut Pasteur.
Compétences requises : double compétence biologie+informatique (niveau thèse), incluant les principes de l'algorithmique, au minimum un langage de programmation (C, Perl), les systèmes de gestion de bases de données (SQL), le développement d'interfaces web (Java), et la maîtrise des méthodes et logiciels standards de bioinformatique (analyse de séquences et de données génomiques) -- des connaissances en statistiques et en microbiologie constitueraient un plus.
Lieu : Durée : 2 ans, disponibilité immédiate.
Salaire : selon expérience.
Contact pour candidature (CV détaillé, lettre de motivation, références) : Ivan Moszer - ivan.moszer@pasteur.fr Plate-forme Intégration et Analyse Génomiques Institut Pasteur 28 rue du Docteur Roux 75724 PARIS Cedex 15
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