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Description
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ANSES
Proposition de sujet Master 2 :
Intitulé du sujet :
Contribution au décryptage des remaniements génomiques de C. burnetii par une approche WGPS
L'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses) : L'Anses est un établissement public à caractère administratif placé sous la tutelle des ministres chargés de la santé, de l'agriculture, de l'environnement, du travail et de la consommation. L'Anses met en oeuvre une expertise scientifique indépendante et pluraliste. Elle contribue principalement à assurer la sécurité sanitaire humaine dans les domaines de l'environnement, du travail et de l'alimentation. Elle contribue également à assurer la protection de la santé et du bien-être des animaux, à la protection de la santé des végétaux et à l'évaluation des propriétés nutritionnelles et fonctionnelles des aliments. Elle exerce enfin des missions relatives aux médicaments vétérinaires.
Conditions de stages :
Lieu du stage : Laboratoire de l'Anses Sophia Antipolis, Unité Pathologie des Ruminants.
Directeur du Laboratoire : Dr. Richard Thiéry
E-mail : Richard.THIERY@anses.fr
Adresse : 105 route des Chappes, les Templiers,
BP111 F-06902 SOPHIA ANTIPOLIS cedex
Web: www.anses.fr
Durée du stage : 6 mois à partir de janvier ou février 2011.
Rémunération : Une allocation mensuelle de stage de 417,08 eurosest accordée par la direction scientifique de l'Anses (dossier à compléter avec le responsable chargé du suivi du stage).
Responsables scientifiques chargés du suivi du stage :
Encadrant : Dr. Sidi-Boumedine Karim
Fonction : Chargé de projets fièvre Q
E-mail : Karim.SIDI-BOUMEDINE@anses.fr
Co-encadrant : Dr. Elodie Rousset
Fonction : Responsable de l'équipe fièvre Q
E-mail : Elodie.ROUSSET@anses.fr
Profil et compétences requises :
De formation BAC+5, vous possédez des connaissances dans les domaines suivants : biologie moléculaire (PCR, clonage...), culture bactérienne/cellulaire, bio-informatique (analyse de séquences...). Vous avez un bon niveau en anglais. Votre intérêt pour le travail en équipe, et dans un contexte international, ainsi que votre implication dans le bon fonctionnement du laboratoire seront appréciés.
Adresser votre candidature (lettre de motivation + cv) par mail à K. Sidi-Boumedine (copie à E. Rousset et R. Thiéry).
Sujet (objectif, démarche et technique, collaboration(s),...) :
La fièvre Q est une zoonose due à Coxiella burnetii, une bactérie intracellulaire obligatoire. Chez l'homme, la fièvre Q passe le plus souvent inaperçue, mais une forme aiguë ressemblant à un syndrome pseudo-grippal peut être observée, voire une pneumonie ou une hépatite. La forme chronique de la maladie, plus sévère et pouvant être fatale, se manifeste d'habitude sous la forme d'une endocardite et parfois comme une infection vasculaire, hépatite ou pneumonie chronique, ostéomyélite, ou syndrome de fatigue chronique.
Le réservoir de la bactérie est grand et inclut des mammifères domestiques et sauvages, des oiseaux et des arthropodes (les tiques). Généralement, la présentation clinique de la fièvre Q est non spécifique chez la plupart des animaux, à l'exception des ruminants. Chez ces derniers C. burnetii est responsable d'avortement (généralement en fin de gestation), de mortinatalité, ou de mises bas prématurées avec des nouveau-nés affaiblis. Les ruminants infectés excrètent C. burnetii dans les urines, les excréments, le lait et surtout dans les produits de la mise-bas. En effet, de fortes concentrations de C. burnetii sont retrouvées dans le placenta, les sécrétions vaginales d'animaux infectés et l'avorton. De ce fait, les ruminants domestiques sont considérés comme la source principale de l'infection humaine, qui se produit en général après l'inhalation d'aérosols contaminés. Enfin, la survie des bactéries dans l'environnement et leur persistance (sous forme de pseudo-spore) contribuent probablement au caractère enzoo-épizootique des foyers de fièvre Q.
Dans la plupart des pays, la situation épidémiologique de la fièvre Q n'est pas bien connue et la source d'infections humaines reste souvent non identifiée en raison du manque de marqueurs épidémiologiques appropriés (Norlander 2000, Berri et al., 2003, Rousset et al., 2003 ; Arricau-Bouvery et al., 2006). Ainsi, le développement d'outils performants pour le typage moléculaire de C. burnetii est essentiel pour pouvoir réaliser des études épidémiologiques.
Le stage proposé portera sur une étude de génomique comparative de souches de C. burnetii isolées de ruminants par "Whole Genome PCR Scanning (WGPS)", qui devrait permettre :
- d'identifier et caractériser les régions conservées et variables du génome de C. burnetii,
- d'évaluer la dynamique de la plasticité entre les souches (mais également, si le temps le permet, en fonction du biotype, du stress, de l'environnement),
- d'émettre des hypothèses sur les mécanismes moléculaires de la plasticité, Ainsi, cette approche descriptive (ou de décryptage) de la diversité génétique des souches de C. burnetii, permettant une meilleure connaissance du polymorphisme génétique et des mécanismes qui y conduisent, sera d'un apport essentiel pour l'identification et le choix de marqueurs moléculaires pertinents. L'utilisation des outils génétiques pour l'épidémiologie moléculaire qui s'en suivra permettra d'atteindre une meilleure prévention et maîtrise de la fièvre Q dans le futur. Le sujet proposé allie donc recherche et développement sur des aspects en bactériologie, génomique, typage et bio-informatique. Les travaux en laboratoire devraient permettre à l'étudiant(e) de se familiariser avec la biologie moléculaire et la manipulation de souches vivantes de Coxiella burnetii en laboratoire confiné L3. Enfin, il s'insère dans un projet de collaboration internationale réunissant 4 partenaires européens.
Programme/Déroulement du stage :
D'un point de vue pratique, le déroulement du stage suivra essentiellement les étapes suivantes :
- Recherche de paires d'amorces optimisées, permettant un recouvrement optimal du chromosome entier, en utilisant le logiciel GenoFrag et la séquence publiée de la souche de référence Nine Mile,
- L'amplification, par Long Range-PCR, du chromosome bactérien de la souche de référence et des isolats à tester,
- Séquençage des produits PCR présentant une taille différente de la référence pour déterminer l'organisation du génome changée,
- Caractérisation des polymorphismes génétiques, y compris les réarrangements du génome, et les mécanismes qui y conduisent (si le temps le permet),
- Identification de marqueurs génomiques utiles à l'épidémiologie moléculaire, aussi bien, qu'à la détection de C. burnetii.
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Offre n° 21460