Le CEMAGREF, institut de recherche dans l’environnement situé sur Lyon 9e, recherche pour son équipe « Ecologie Microbienne des Hydrosystèmes Anthropisés »

Un(e) Stagiaire en M2 de biologie avec un intérêt particulier pour la recherche en écotoxicologie et écologie microbienne.

Stage long de 4 mois minimum, à pourvoir pour Mars ou Avril 2011


Thème de recherche : Ecotoxicologie et dégradation de la litière / Ecotoxicology and leaf litter decomposition

Résume
Les cours d’eau sont souvent sujet à une pollution diffuse, en particulier dans les zones viticoles, comme la région du Beaujolais, où l’utilisation de pesticides (herbicides et fongicides) est fréquente. Le transfert de la litière et des pesticides s’effectue de façon conjointe et coïncide avec la saison d’automne. Durant cette période, l’effet des fongicides sur la communauté fongique des courants est maximal, particulièrement sur les décomposeurs des feuilles de la litière. Nous avons mis en place un protocole en laboratoire pour tester l’effet d’un fongicide sur la communauté des micro-organismes colonisateurs des feuilles de la litière par l’utilisation de canaux artificiels de courants. Différentes concentrations de fongicides seront testées sur la communauté microbienne qui sera évaluée d’un point de vue structural ( empreinte génétique par PCR-ARISA ) et fonctionnel ( activité des enzymes extracellulaires et Biolog EcoPlates ). En particulier, nous voulons analyser si les fongicides minorent la minéralisation de la matière organique particulaire dans les cours d’eau.

Summary
Streams are often subjected to diffuse pollution, especially in extensive wineyard areas, such as in the Beaujolais region (NE France), where the use of pesticides (e.g. herbicides, fungicides) is frequent. It exists a spatial and temporal overlap between litter and pesticide inputs in streams, being coincident during the autumn season. It is expected that during this period fungicides have the strongest effect on stream fungal communities, especially in those decomposing leaf litter. We plan a laboratory experiment to test the effect of a fungicide in microbial communities colonizing leaf litter by using a system of artificial stream channels. The microbial communities will be exposed to different fungicide concentrations, and their responses will be evaluated at the structural (genetic fingerprint analysis using PCR-ARISA) and functional (extracellular enzyme activities and Biolog EcoPlates) level. Specifically, we want to analyze whether fungicides reduce the mineralization of particulate organic matter in streams.


Nos attentes :
Vous possédez de bonnes connaissances en microbiologie, écologie microbienne et biologie moléculaire. Vous êtes étudiant en M2. Vous avez un bon niveau d’anglais oral et écrit.
Ce stage nécessite de bonnes capacités de travail en équipe, de la rigueur et des capacités d’organisation. Vous devrez également démontrer un esprit d’analyse et des qualités rédactionnelles.


Merci d’adresser rapidement votre CV à Joan Artigas (joan.artigas-alejo@cemagref.fr), responsable du stage.

Société : CEMAGREF

E-mail : joan.artigas-alejo@cemagref.fr
Service : Ecologie Microbienne des Hydrosystèmes Anthropisés
Adresse : 3 B Quai Chauveau
69009 LYON
Web :

Nom : Dr ARTIGAS

Dr ARTIGAS